В связи с этим на станции Биробиджан-2 развернулось широкое строительство не только железной дороги, но и поселка железнодорожников. В 1940 году в строй была введена семилетняя школа. Построена она была из бутобетона, в два этажа. На одном этаже проходили занятия, а на другом жили при школе учителя.
Учителей в школе было 8 человек. Все они были молодые, стаж работы в основном не превышал 10 лет. Высшее образование тоже было не у всех. Но у них было главное — они любили детей и свою работу. Первым директором школы № 62 стала Толстенко Нина Ефимовна.
В 1954 году на станции Биробиджан — 2 была построена новая деревянная школа, она была уже средней школой № 181. Директором школы стал Владимир Петрович Михеев, выпускник Казанского университета. Его любили дети, да и он не мыслил жизнь без школы.
В 1975 году на станции Биробиджан -2 было построено новое трехэтажное здание школы, с просторными светлыми кабинетами, рекреациями, прекрасным спортивным залом. Директором школы стала Мамчур Алевтина Константиновна. Мудрая, знающая свое дело, она была душой коллектива учителей.
В 1993 году директором школы стала Дубина Надежда Васильевна. Обаятельная, привлекательная, мудрая, дипломатичная, она умела найти подход к каждому. Заместителем директора стала Курзина Татьяна Анатольевна.
В 1997 году школа была переименована в среднюю общеобразовательную школу № 16 г. Биробиджана.
В 2013 году в школе состоялось открытие памятного места, посвященного участнику боевых действий в Афганистане, погибшего при исполнении интернационального долга, выпускнику школы — Николаю Косникову.
В 2015 году школе было присвоено имя Николая Викторовича Косникова, участника боевых действий в Афганистане, награжденного орденом Красной Звезды. В этом же году школа сделала выпуск первого профильного оборонно-спортивного класса.
В школе работает много её выпускников: учителя русского языка и литературы Шкуратова Лилия Владимировна, Чекмарева Людмила Михайловна, учитель географии Остроушко Ольга Ивановна, учитель начальных классов Кушнарь Лариса Викторовна, воспитатель Детского дома Соломахина Нина Алексеевна. В этой школе они учились, здесь получили образование их дети, а у некоторых уже учатся внуки. Они свято хранят традиции школы, передают свою любовь к школе ученикам, делятся воспоминаниями. Отсюда такой неповторимый, своеобразный микроклимат в коллективе, микроклимат одной большой семьи. Индивидуальный подход к каждому ученику – это главный принцип работы всей школы. Педагогический коллектив школы отличается стабильностью и преемственностью.
Проходят годы, одно поколение учеников сменяет другое, появляются целые династии, а школа для всех по-прежнему остается вторым домом. Так идут уроки, где ребята приобретают знания, проявляют себя в учебе, спорте. Они учатся оценивать себя, свои поступки, учатся дружить и быть ответственными. Им в школе хорошо, комфортно, весело. Они взрослеют, задумываются о своем будущем и о будущем нашей Родины.
Успехи и достижения школы
2005 г. Диплом Отдела образования за 1 место в городском конкурсе уголков и музейных экспозиций, посвященному 60-летию Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 года.
2008- 2010 г. Свидетельства ГОУ «Областной институт усовершенствования учителей» о присвоении МКОУ СОШ № 16 статуса творческой лаборатории .
2008 г. Диплом Законодательного собрания ЕАО II степени за второе место конкурсе библиотек Общеобразовательных учреждений «Роль школьных библиотек в правовом воспитании будущих избирателей».
2010 г. Диплом Отдела образования мэрии города за организацию трудовой деятельности подростков и совместную работу с территориальным общественным самоуправлением в период летней оздоровительной кампании.
2011 г. Диплом Главы мэрии города за 1 место в конкурсе на лучшую организацию питания в Общеобразовательных учреждениях Муниципального образования «Город Биробиджан» ЕАО.
2012г. Диплом Главы мэрии города за 1 место по итогам реализации программ летнего отдыха детей.
2013г. Диплом II степени Комитета образования ЕАО «За нравственный подвиг учителя».
2013 г. Диплом «Областного института повышения квалификации педагогических работников» за 1 место в Областном конкурсе ученического самоуправления.
2014 г. Дипломом II степени Главы мэрии города отмечена работа музейной комнаты.
2015 г. Диплом Отдела образования за призовое место в муниципальном конкурсе методических материалов.
2015г. Диплом II степени за призовое место в конкурсе методических кабинетов.